Schon 1956 demonstrierten Studierende gegen die staatliche Repression, bei Straßenkämpfen wurden sechs Studenten getötet. 1960 begann der Bürgerkrieg, der das Land über dreieinhalb Jahrzehnte in Schrecken versetzen sollte. Immer wieder kam es in den Sechzigerjahren zu Protesten und gewaltsamen Zusammenstößen mit der Staatsgewalt. Bereits 1962 gründete sich der Guerillaverband Fuerzas Armadas Rebeldes (FAR). Dieser sorgte im Januar 1968 in der Hauptstadt durch ein Attentat auf einen US-Botschafter und zwei Militärberater der USA für Aufsehen; auch die Ermordung des deutschen Botschafters Karl von Spreti im Jahr 1970 ging auf das Konto der FAR. Im Jahr 1968 gelangten linksgerichtete Dozenten an die Schaltzentralen der Universitäten, bis 1970 institutionalisierte sich die Studentenbewegung. In den Siebzigerjahren kam es aufgrund ideologischer Grabenkämpfe zu Spaltungen.