Tras superar la crisis de 2004, el Instituto de Estudios Latinoamericanos pasó por una fase de reinvención. Quienes alguna vez lo acusaron de falta de cooperación entre las disciplinas y de ausencia de un proyecto común, ahora debían ser convencidos de lo contrario. En medio de un cambio generacional entre el profesorado, la tarea de los miembros, en su mayoría recién designados, era presentar en poco tiempo un concepto que pusiera en diálogo a todas las disciplinas y asegurara el futuro del Instituto en materia de investigación y enseñanza. A partir de entonces, los temas centrales fueron los debates comunes, entre otras cosas, sobre el camino de América Latina hacia una ‘modernidad diferente’ y América Latina en su interdependencia global. Al mismo tiempo, los miembros del Instituto intensificaron sus contactos, especialmente con universidades e instituciones de investigación de América Latina, con las que celebraron nuevos acuerdos y avanzaron conjuntamente en proyectos de investigación. Dentro de la Freie Universität Berlin, la cooperación con y entre las expertas y los expertos en las diferentes regiones del mundo se ha vuelto cada vez más importante. Particularmente en relación con la Iniciativa de Excelencia, el Instituto de Estudios Latinoamericanos recibió mucha atención a finales de la década de 2000 debido a los conocimientos regionales y a sus redes internacionales. También se tomaron nuevos caminos en la promoción de jóvenes investigadoras y investigadores. En 2008, el Instituto estableció el programa de doctorado interdisciplinario “Estudios latinoamericanos desde una perspectiva comparativa y transregional” bajo el paraguas de la Dahlem Research School.

En 2009, se inauguró una fase de éxito académico y nuevos comienzos en la historia del Instituto, con la inauguración del Colegio Internacional de Graduados germano-mexicano “Entre Espacios”, el primer colegio de graduados con socias y socios de América Latina en ser financiado por la Sociedad Alemana de Investigación. En el marco de este proyecto, los miembros del Colegio se han dedicado durante más de nueve años a la investigación sobre la globalización en las ciencias sociales y las humanidades y apoyaron a más de 160estudiantes de doctorado y postdoctorado en Berlín/ Potsdam y México. En 2014, se organizó el Congreso de AHILA, el mayor evento académico sobre América Latina en Alemania hasta la fecha, con más de 1.000 participantes. Poco después de la aprobación del Colegio Internacional de Graduados, las investigadoras y los investigadores ganaron otros grandes proyectos con financiamiento externo. Estos proyectos han contribuido a la consolidación del Instituto en las redes internacionales de investigación interdisciplinaria de América Latina hasta el día de hoy. Numerosos y grandes proyectos financiados por entidades terceras, como la red “desiguALdades.net”, el proyecto “MISEAL”, el programa “trAndeS”, el centro “Mecila” y el Colegio Internacional de Graduados “Temporalidades del Futuro”, iniciaron sus actividades en los edificios de la Boltzmannstraße 1 y 4, incorporados poco después al Instituto.