El programa individual de doctorado implica mayor flexibilidad a la hora de proponer un tema de investigación. En el caso tanto del programa estructurado, como en el del Colegio Internacional de Graduados "Temporalidades del Futuro", las propuestas de investigación deben estar elaboradas según las líneas de investigación del programa correspondiente.

A diferencia del programa individual, los programas estructurados cuentan ya con una estructura de investigación y un cuerpo de miembros al que el/a aplicante pertencerá en caso de ser aceptado/a. Así mismo, los programas estructurados cuentan tanto con un programa de estudios como con un programa de cursos definido al cual los miembros deben asistir obligatoriamente.