No LAI também são ensinadas línguas indígenas. Os cursos são interligados e começam com o Curso I no semestre de inverno.
Os cursos são ministrados no módulo “Línguas Indígenas da América Latina” dentro da área complementar (10 LP). Para concluir o módulo, é necessário ser aprovado nas partes I e II dos cursos de línguas, bem como na prova final não diferenciada.
Atualmente, são oferecidas as línguas Quechua e Maya.
O foco está na gramática e no vocabulário das línguas indígenas coloniais e/ou recentes. Trabalha-se com textos e outros meios de comunicação e aprende-se a pronúncia. Os cursos oferecem uma visão dos processos e práticas culturais que se expressam através da língua, do texto escrito e do comportamento linguístico. Os objetivos de aprendizagem dos cursos incluem a capacitação no uso dos sistemas linguísticos indígenas da América Latina, cuja gramática e estrutura podem diferir muito de uma compreensão eurocêntrica da língua, bem como a capacidade de usar a língua aprendida para a própria pesquisa empírica.