Die Unviersidad Nacional Autónoma de México (UNAM) ist eine der größten Universitäten der Welt und gilt als eine der renommiertesten Universitäten Lateinamerikas. Die seit 1988 bestehende Zusammenarbeit zwischen der Freien Universität Berlin und der UNAM, die unter anderem 2018 in der Etablierung eines Außenbüros der UNAM an der Freien Universität mündete, wurde maßgeblich durch das LAI vorangetrieben.

Die UNAM stellt einen der zentralen Kooperationspartner des LAI dar, was sich insbesondere in der Vielzahl der Forschungskooperationen zwischen den beiden Institutionen zeigt. Besonders hervorzuheben sind hierbei die Internationalen Graduiertenkollegs "Entre Espacios" (2009-2018) und "Temporalities of Future" (2019-2025), die als exzellente Ausnahmeprojektein der deutsch-lateinamerikanischen Wissenschaftslandschaft gelten.

Ein weiterer Bestandteil der Kooperation ist die internationale Lehrkooperation zwischen der Escuela de Postgrados der UNAM und dem M.A. Interdisziplinäre Lateinamerikastudien. In dieser Lehrkooperation werden identische Kurse an beiden Institutionen angeboten und mehrere gemeinsame Sitzungen zwischen den mexikanischen und deutschen Studierenden veranstaltet, bei denen sich die Studierenden über Ländergrenzen hinweg auszutauschen können, verschiedene Perspektiven einnehmen und wertvolle internationale Erfahrungen im virtuellen Raum gewinnen.

Die breite Zusammenarbeit zwischen Studierenden und Wissenschaftler*innen beider Institution sind ebenso in zahlreichen gemeinsamen Publikationen gemündet.