Após a superação da crise de 2004, o Instituto de Estudos Latino-Americanos viveu uma fase de reinvenção. Xs críticxs que acusaram o Instituto de falta de cooperação entre as disciplinas e a ausência de um projeto comum, deveriam ser agora convencidos do contrário. Em meio a mudança entre o professorado, os membros tiveram uma tarefa de em pouco tempo apresentar um conceito que pudesse dialogar com todas as disciplinas e assegurar o futuro do Instituto no quesito de pesquisa e de ensino. A partir de então, os debates foram conduzidos de forma conjunta a respeito do caminho da América Latina para uma “modernidade diferente” em sua interdependência global. Ao mesmo tempo, os membros do Instituto intensificaram seus contatos, sobretudo com universidades e instituições de pesquisa na América Latina, com as quais concluiu novos acordos e promoveu projetos de pesquisa em conjunto. Dentro da Freie Universität Berlin, a cooperação entre xs especialistas de diferentes regiões se tornou cada vez mais importante. Sobretudo em relação à parceria com iniciativas de excelência, o Instituto de Estudos Latino-Americanos recebeu muita atenção no final dos anos 2000 devido a sua expertise e a sua rede internacional. A promoção de jovens pesquisadores também tomou novos caminhos. Em 2008, o Instituto criou o programa de doutorado interdisciplinar “Estudos Latino-Americanos em perspectiva comparativa e transregional".

Em 2009, iniciou-se uma fase de sucesso científico e de novos começos na história do Instituto com a inauguração do Colégio Internacional de Graduados germano-mexicano “Entre Espaços”, o primeiro colégio de pós-graduação com sócixs da América Latina financiada pela Sociedade Alemã de Pesquisa. No âmbito do colégio, os membros dedicaram-se por mais de nove anos à pesquisa sobre globalização nas ciências sociais e nas humanidades e apoiaram mais de 160 estudantes de doutorado e pós-doutorado em Berlim/Potsdam e no México. Em 2014, foi organizado o Congresso AHILA, o maior evento acadêmico sobre América Latina na Alemanha até então com mais de 1000 participantes. Pouco depois da aprovação do Colégio Internacional de Graduados, xs pesquisadores ganharam outros grandes projetos com financiamento externo. Esses projetos têm contribuído para a consolidação do Instituto nas redes internacionais de pesquisa interdisciplinar da América Latina até hoje. Diversos e grandes projetos como, por exemplo, a rede “desiguALdades.net”, o projeto “MISEAL”, o programa “trAndeS”, o centro “Mecila” e o Colégio Internacional de Graduados “Temporalidades do Futuro” foram financiados por terceiros e iniciaram suas atividades nos edifícios na Boltzmannstraße 1 e 4, incorporados pouco depois ao Instituto.