Uma quantidade significativa de projetos de doutorado contribui para o perfil de pesquisa da ciência política no Instituto Latino-Americano. A supervisão de doutorado é possível com o Prof. Dr. Markus Hochmüller (Ciência Política), Prof. Dr. Bert Hoffmann (Ciência Política) e PD Dr. Martha Zapata (Sociologia). Parte da formação de doutorado envolve a participação ativa e regular nos respectivos colóquios de doutorado dos supervisores. A supervisão ocorre tanto de forma individual quanto dentro de programas estruturados de doutorado. Há a possibilidade, mediante solicitação, de escrever a tese de doutorado em inglês ou espanhol e de realizar a defesa em inglês ou espanhol.

O programa de doutorado estruturado em Estudos Latino-Americanos, com uma perspectiva comparativa e transregional, da Dahlem Research School (DRS), serve como estrutura para a formação de doutorado no Instituto Latino-Americano. A admissão no programa de doutorado estruturado é possível por meio dos seguintes programas de promoção de jovens talentos, no âmbito de uma bolsa ou associação:

• Programa de Doutorado em Estudos Latino-Americanos, com uma perspectiva comparativa e trans-regional, da Dahlem Research School (DRS)

• Escola de Pós-Graduação em Estudos Transnacionais de Berlim

• Escola de Pós-Graduação em Estudos Norte-Americanos