ESIINE está integrado por una red de Instituciones de Educación Superior (IES) de Latinoamérica y Europa.

Cada una de estas IES participa con programas específicos de posgrado en los cuáles se trabajan una o varias de las cinco líneas de investigación que conforman la malla curricular de la Formación ESIINE.

                                

Universidad de Buenos Aires (UBA)	Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Pontificia Universidad Católica del Perú (PUCP)	Uniwersytet Lodzki, Polonia (LODZKI)
Freie Universität Berlin (FUB)	Universidad Nacional de Colombia (UNAL)
University of Hull (HULL)	Universidad de los Andes (UNIANDES)
Universidade de Brasília (UnB)	Universidad Nacional de Córdoba (UNC)
Universidad de La Laguna (ULL)	Universidad Nacional Tres de Febrero (UNTREF)
Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Guatemala (FLACSO Guatemala)	Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Ecuador (FLACSO Ecuador)